Date : 20200717

Dossier : A-110-19

Référence : 2020 CAF 122

[TRADUCTION FRANÇAISE]

CORAM :

LE JUGE PELLETIER LA JUGE GAUTHIER LA JUGE WOODS

 

ENTRE :

PREMIÈRE NATION DES ‘NAMGIS

appelante

Et

LE MINISTRE DES PÊCHES, DES OCÉANS ET DE LA GARDE CÔTIÈRE CANADIENNE ET MOWI CANADA WEST LTD.

(AUPARAVANT CONNUE SOUS LE NOM DE MARINE HARVEST INC.)

intimés

Audience tenue à Vancouver (Colombie-Britannique), le 20 novembre 2019.

Jugement rendu à Ottawa (Ontario), le 17 juillet 2020.

MOTIFS DU JUGEMENT :	LE JUGE PELLETIER
Y ONT SOUSCRIT :	LA JUGE GAUTHIER LA JUGE WOODS

 

Date : 20200717

Dossier : A-110-19

Référence : 2020 CAF 122

CORAM :

LE JUGE PELLETIER LA JUGE GAUTHIER LA JUGE WOODS

 

ENTRE :

PREMIÈRE NATION DES ‘NAMGIS

appelante

Et

LE MINISTRE DES PÊCHES, DES OCÉANS ET DE LA GARDE CÔTIÈRE CANADIENNE ET MOWI CANADA WEST LTD.

(AUPARAVANT CONNUE SOUS LE NOM DE MARINE HARVEST INC.)

intimés

MOTIFS DU JUGEMENT

LE JUGE PELLETIER

[1]  La Première Nation des ‘Namgis (la PNN) interjette appel de la décision de la Cour fédérale (rendue par la juge Strickland), par laquelle elle a rejeté sa demande de contrôle judiciaire de la décision du ministre des Pêches et des Océans (le ministre) de délivrer un permis d’introduction et de transfert de salmonidés (le permis de transfert) à Mowi Canada West Ltd. (Mowi), auparavant connue sous le nom de Marine Harvest Inc. La Cour fédérale était saisie de trois demandes de contrôle judiciaire distinctes, mais étroitement liées, lesquelles ont été traitées dans un seul ensemble de motifs, publié sous la référence Morton c. Canada (Pêches et Océans), 2019 CF 143.

[2]  Les trois demandes ont trait à deux facteurs de risque pour le saumon sauvage du Pacifique dans le territoire revendiqué par la PNN. Le premier concerne l’orthoréovirus pisciaire (RVP), un virus hautement infectieux présent dans les eaux de la Norvège, du Royaume-Uni, de l’Irlande, du Chili, des États-Unis et du Canada. En Colombie-Britannique, on trouve aujourd’hui le RVP chez les saumons tant d’élevage que sauvages : décision, au paragraphe 27. Le second facteur de risque concerne l’inflammation des muscles squelettiques et cardiaques (IMSC), une maladie infectieuse décelée chez des saumons atlantiques d’élevage. La maladie a été signalée pour la première fois en Norvège, et elle est aujourd’hui signalée chez des saumons atlantiques d’élevage en Écosse, au Chili et dans une pisciculture en Colombie-Britannique : décision, au paragraphe 29. La PNN est convaincue que le RVP et l’IMSC représentent une menace pour les stocks de saumon sauvage sur lesquels elle compte à des fins alimentaires, sociales et rituelles. Le ministre considère que le niveau de menace est très faible. Les connaissances scientifiques portant sur la relation entre ces deux menaces, leur prévalence et le risque qu’elles représentent pour le saumon sauvage (par opposition au saumon d’élevage) évoluent constamment.

[3]  Deux des trois demandes dont était saisie la Cour fédérale portaient sur la Politique concernant le RVP instaurée par le ministre, laquelle est énoncée dans un courriel envoyé par la déléguée du ministre et daté du 28 juin 2018 :

[traduction]
[...] le MPO continuera d’appliquer l’approche stratégique expliquée dans la note d’information signée le 30 janvier 2017, qui précise que le Ministère ne procédera pas à des tests de dépistage du RVP et de l’IMSC avant les transferts de poissons.

Décision, au paragraphe 47. [Non souligné dans l’original.]

[4]  Dans la première demande (dossier T-1710-16), M^me Alexandra Morton, qui milite en faveur des pêches, demandait l’annulation de la Politique concernant le RVP pour des motifs fondés sur le droit administratif, alléguant qu’elle était déraisonnable. Cette demande a été accueillie (décision, au paragraphe 213), et n’a pas fait l’objet d’un appel. Dans la deuxième demande (dossier T-430-18), la PNN demandait l’annulation de la Politique concernant le RVP au motif que la Couronne avait manqué à son obligation de consulter la Première Nation et de tenir compte de ses préoccupations. Cette demande a également été accueillie (décision, au paragraphe 330), et n’a pas fait l’objet d’un appel.

[5]  Dans la troisième demande (dossier T-744-18), la PNN demandait à la Cour d’annuler le permis de transfert au motif que le ministre avait manqué à son obligation de consulter la Première Nation et de tenir compte de ses préoccupations avant de délivrer le permis. Cette demande a été rejetée sommairement (décision, au paragraphe 338), et fait l’objet du présent appel.

[6]  Pour les motifs qui suivent, j’accueillerais l’appel avec dépens en faveur de l’appelante.

I.  Contexte et décision faisant l’objet du contrôle

[7]  Le présent litige tourne autour de la portée et de l’application de l’article 56 du Règlement de pêche (dispositions générales), DORS/93-53 (le Règlement), qui est reproduit ci-dessous :

[8]  En 2015, M^me Morton, la demanderesse dans la première affaire portée devant la Cour fédérale, a déposé une demande de contrôle judiciaire, alléguant que les conditions auxquelles était assujetti un permis d’aquaculture régissant le transfert de poissons d’une écloserie à une installation aquacole étaient illégales, parce qu’elles ne respectaient pas les exigences énoncées aux termes de l’article 56 du Règlement. La Cour fédérale a accueilli la demande (Morton c. Canada (Pêches et Océans), 2015 CF 575 [décision Morton 2015], affirmant que l’alinéa 56b) du Règlement :

[...] interdit au ministre de délivrer un permis de transfert si une maladie ou des agents pathogènes sont présents qui « pourraient nuire à la protection et à la conservation des espèces ». Le membre de phrase « pourraient nuire » n’exige pas une certitude scientifique, et d’ailleurs, il n’exige même pas que le transfert puisse vraisemblablement être nuisible. Dans le même ordre d’idées, le membre de phrase « de maladies et d’agents pathogènes » à l’alinéa 56b) ne devrait pas être interprété comme exigeant un consensus scientifique unanime selon lequel un agent pathogène (p. ex. le RVP) est la cause de la maladie (p. ex. le HSMI).

Décision Morton 2015, au paragraphe 97.

[9]  Le territoire ancestral des ‘Namgis est situé à l’extrémité nord de l’île de Vancouver et inclut un certain nombre d’îles adjacentes, y compris l’île Swanson, située entre l’île de Vancouver et le continent. On trouve dans cette région un certain nombre de populations distinctes de saumon sauvage. Ces populations sont d’une importance cruciale pour la PNN à des fins alimentaires, sociales et rituelles. Mowi exploite une installation piscicole dotée de parcs à filet en mer près de l’île Swanson. Cette installation se trouve à cet endroit depuis le début des années 1990 et est empoissonnée en saumon depuis, sauf durant les périodes d’inactivité entre la capture et le repeuplement.

[10]  Le repeuplement des parcs à filet est au cœur du présent litige, parce qu’il est associé à un risque non encore circonscrit d’introduire des agents pathogènes dans les eaux utilisées par le saumon sauvage. Ce risque résulte du transfert de saumons immatures (saumoneaux) des stations aquacoles intérieures aux installations aquacoles dotées de parcs à filet en mer. Si des poissons porteurs d’une maladie sont introduits dans ces eaux, et si la maladie se répand dans les stocks de saumon sauvage, les résultats pourraient être catastrophiques et peut-être irréversibles.

[11]  À la suite de la décision Morton 2015, le ministre a instauré un nouveau régime de délivrance de permis pour le transfert de poissons d’une écloserie à une installation aquacole. Pour différentes raisons, le ministre a continué d’affirmer qu’aucun test de dépistage du RVP ou de l’IMSC n’était nécessaire avant de transférer des poissons dans une installation aquacole.

[12]  Dans le dossier T-430-18, dans lequel la PNN allègue que la Couronne a manqué à son obligation de consultation au sujet de la Politique concernant le RVP, la Cour fédérale a conclu que la Couronne avait manqué à son obligation de consultation en ne répondant pas à la demande de consultation de la PNN à la lumière des nouvelles données scientifiques qui laissaient croire à un nouvel effet potentiellement défavorable sur ses droits :

À mon avis, en septembre 2017, lorsque la PNN a fait part de son inquiétude à propos de la poursuite des transferts sans que l’on procède à des tests de dépistage du RVP et, en novembre 2017, lorsqu’elle a souhaité que l’on tienne des consultations sur cette question, son opinion étant que les nouvelles données scientifiques établissaient que le RVP causait l’IMSC et risquait d’avoir un nouvel effet défavorable sur ses droits, le MPO, dans le cadre de son processus de consultation continu au sujet de la gestion de l’aquaculture et de l’octroi de permis d’aquaculture, aurait dû répondre à cette préoccupation et en discuter. Dans ces circonstances, la demande de la PNN a fait en sorte que le PMO [sic] se devait de lui répondre dans le contexte de son obligation continue de consultation. Et, lorsque le PMO [sic] a réexaminé par la suite la Politique concernant le RVP, c’est‑à‑dire le 28 juin 2018, sans répondre aux préoccupations de la PNN, même à un niveau général, il a manqué à cette obligation.

Décision, au paragraphe 330.

[13]  Avant d’en arriver à cette conclusion, la Cour a indiqué, au paragraphe 325 de la décision, que le ministre s’appuyait sur l’arrêt R. v. Douglas et al, 2007 BCCA 265, 278 D.L.R. (4^th) 653 [arrêt Douglas], et sur l’arrêt R. v. Lefthand, 2007 ABCA 206, [2007] 10 W.W.R. 1 [arrêt Lefthand]. Dans l’arrêt Douglas, la Cour d’appel de la Colombie-Britannique a conclu ce qui suit, au paragraphe 42 :

[traduction]
Comme il a mené des consultations appropriées au moment de la mise au point et de l’application de sa stratégie sur les pêches, le MPO n’est pas tenu de consulter chacune des Premières Nations pour chaque ouverture et fermeture des pêches tout au long de la saison de pêche du saumon, lorsque ces décisions sont conformes à la politique générale. Comme le nombre de saumons de la montaison Stuart précoce qui seraient capturés était très peu élevé, la brève ouverture de la saison de la pêche marine récréative restait conforme à la stratégie mise au point en 2000, pour la conservation de la montaison Stuart précoce. Si le MPO était tenu de consulter en ce qui concerne l’ouverture de la pêche marine récréative, il faudrait qu’il consulte toutes les Premières Nations du fleuve Fraser à propos de chaque ouverture, y compris toutes les pêches des Premières Nations.

[14]  Dans l’arrêt Lefthand, la Cour d’appel de l’Alberta, au paragraphe 40 de ses motifs, a écrit ce qui suit :

[traduction]
Si des consultations adéquates ont eu lieu concernant un programme ou un régime de réglementation ou un projet de développement, l’obligation de consultation prévue dans la Constitution est satisfaite. Il n’est pas nécessaire par la suite de consulter de nouveau pour chaque décision administrative prise en lien avec la mise en œuvre de cette stratégie.

[15]  Même si la Cour fédérale ne l’a pas affirmé explicitement, elle a utilisé un langage qui laisse fortement entendre que son point de vue sur la consultation relative au permis de transfert s’inspire de cette jurisprudence. Les arrêts Douglas et Lefthand justifieraient que la Cour adhère à la position du ministre, soit qu’il serait peu pratique de consulter chacune des Premières Nations à propos de chacun des permis de transfert délivrés aux fermes piscicoles situées dans les territoires revendiqués : décision, au paragraphe 325. En outre, au paragraphe 328 de la décision, la Cour fédérale a souligné que le ministre « n’était pas obligé de mener des consultations sur chaque décision de politique générale concernant la santé des poissons et chaque permis de transfert ».

[16]  Concernant l’allégation selon laquelle la Couronne avait manqué à son obligation de consultation à l’égard de l’octroi du permis de transfert, la Cour fédérale a souligné qu’elle pourrait trancher l’affaire sommairement :

Cependant, à mon avis, et comme je l’ai déjà mentionné, le ministre n’était pas obligé de tenir des consultations au sujet de chaque permis de transfert. C’est donc dire qu’il n’y a pas eu de manquement à l’obligation de consultation, en ce qui concerne le permis de transfert pour l’installation de l’île Swanson.

Décision, au paragraphe 338.

[17]  En ce qui concerne les mesures de réparation demandées, puisque la Cour a conclu que la Couronne n’avait pas manqué à son obligation de consultation à l’égard du permis de transfert, elle n’était pas tenue d’examiner les demandes de réparation de la PNN, mais elle l’a quand même fait. Plus précisément, elle a conclu que, puisque le permis avait expiré après le transfert de saumoneaux à l’installation de l’île Swanson, elle n’annulerait pas un permis qui n’était plus en vigueur. La Cour a également examiné la demande de la PNN en vue d’obtenir une ordonnance de mandamus obligeant le ministre à retirer les poissons de l’installation. La Cour a refusé d’accueillir la demande.

II.  Énoncé des questions en litige

[18]  La PNN soutient que les deux questions en appel concernent la conclusion selon laquelle il n’y a pas eu manquement à l’obligation de consultation à l’égard du permis de transfert, et l’allégation selon laquelle la Cour fédérale a commis une erreur en n’annulant pas le permis. Le ministre formule les questions un peu de la même manière, alors que Mowi concentre son attention sur la question de savoir si le permis déclenchait une obligation de consultation, compte tenu que le ministre avait mené des consultations à l’égard de la politique sur l’aquaculture et du système de délivrance des permis.

[19]  Ces perspectives sont relativement abstraites. Compte tenu des faits en l’espèce, il semble que les questions peuvent être resserrées considérablement. D’abord, comme la Cour fédérale a rejeté la demande de contrôle judiciaire, la question de l’annulation du permis ne s’est tout simplement pas posée; par conséquent, tout ce que la Cour fédérale a pu affirmer sur le sujet constituait simplement une opinion incidente. Ainsi, la question pourrait être soulevée concernant d’éventuelles mesures de réparation si l’appel devait être accueilli, mais elle ne peut constituer un motif d’appel.

[20]  Ensuite, compte tenu de l’historique des consultations entre les parties, la question n’est pas de savoir s’il existe une obligation de consultation dans l’abstrait, mais plutôt de savoir si une nouvelle obligation de consultation s’est présentée. La Cour fédérale a conclu qu’aucune obligation de ce type n’existait, apparemment parce qu’aucune consultation n’est nécessaire à l’égard de décisions qui concernent une stratégie ou une politique générale qui a déjà fait l’objet de consultations. Ce raisonnement ne permet pas de répondre à la question de savoir si un nouvel effet défavorable est apparu depuis les premières consultations, ce qui créerait une nouvelle obligation de consultation.

III.  Norme de contrôle

[21]  Comme le présent appel porte sur une décision de la Cour fédérale siégeant comme cour de révision, l’arrêt qui fait autorité est l’arrêt Agraira c. Canada (Sécurité publique et Protection civile), 2013 CSC 36, [2013] 2 RCS 559 [arrêt Agraira]. La Cour suprême a conclu que la question que devait trancher notre Cour était celle de savoir si la Cour fédérale avait choisi la norme de contrôle appropriée et l’avait appliquée correctement : arrêt Agraira, au paragraphe 47. Dans l’arrêt Merck Frosst Canada Ltée c. Canada (Santé), 2012 CSC 3, [2012] 1 RCS 23 [arrêt Merck Frosst], la Cour suprême a indiqué que cela revenait à se mettre à la place du tribunal d’instance inférieure pour se concentrer sur la décision administrative : au paragraphe 247; voir également Husky Oil Operations Limited c. Office Canada‑Terre‑Neuve‑et‑Labrador des hydrocarbures extracôtiers, 2018 CAF 10, aux paragraphes 16 et 17, 418 D.L.R. (4^th) 112; Keith c. Canada (Commission des droits de la personne), 2019 CAF 251, au paragraphe 5. La portée des droits ancestraux et issus de traités au sens de l’article 35 de la Loi constitutionnelle de 1982 est susceptible de révision selon la norme de la décision correcte : Canada (Ministre de la Citoyenneté et de l’Immigration) c. Vavilov, 2019 CSC 65, au paragraphe 55, 441 D.L.R. (4^th) 1 [arrêt Vavilov]. Lorsque l’existence ou l’étendue de l’obligation de consulter « repose habituellement sur l’appréciation des faits », il convient de faire preuve de déférence à l’égard des conclusions de fait du premier décideur : Nation haïda c. Colombie-Britannique (Ministre des Forêts), 2004 CSC 73, au paragraphe 61, [2004] 3 RCS 511 [arrêt Nation haïda]. Le caractère adéquat de la consultation est susceptible de révision selon la norme de la décision raisonnable : arrêt Nation haïda, au paragraphe 62; Coldwater Première Nation c. Canada (Procureur général), 2020 CAF 34, au paragraphe 27.

IV.  Discussion

[22]  Au paragraphe 35 de l’arrêt Nation haïda, la Cour suprême a conclu que l’honneur de la Couronne tend à indiquer qu’il y a obligation de consultation quand trois éléments sont présents :

• 1) la Couronne a connaissance, concrètement ou par imputation, de l’existence potentielle d’un droit ou d’un titre ancestral revendiqué;

• 2) la Couronne envisage de prendre des mesures;

• 3) les mesures envisagées sont susceptibles d’avoir un effet préjudiciable sur ce titre ou ce droit.

[23]  L’obligation de la Couronne de consulter a pour but de permettre de déterminer l’effet préjudiciable potentiel sur les droits ancestraux ou issus de traités et d’en venir au meilleur accommodement possible pour prévenir cet effet préjudiciable : voir l’arrêt Nation haïda, au paragraphe 47; l’arrêt Première nation Tlingit de Taku River c. Colombie-Britannique (Directeur d’évaluation de projet), 2004 CSC 74, au paragraphe 25, [2004] 3 RCS 550; l’arrêt Rio Tinto Alcan Inc. c. Conseil tribal Carrier Sekani, 2010 CSC 43, au paragraphe 32, [2010] 2 RCS 650 [arrêt Rio Tinto].

[24]  En l’espèce, les parties ont convenu, et la Cour fédérale a conclu de même, que les deux premiers éléments avaient été satisfaits : décision, aux paragraphes 307 à 309. Ainsi, seul le troisième élément était en litige.

[25]  Le troisième élément commande une approche généreuse et téléologique, permettant de reconnaître que la mesure envisagée par la Couronne pourrait avoir des répercussions irréversibles sur les droits ancestraux : arrêt Rio Tinto, au paragraphe 46. L’effet préjudiciable ne peut être simplement hypothétique, et il doit toucher l’exercice futur du droit ancestral lui‑même : ibid. L’évaluation de l’obligation de consultation est prospective :

L’atteinte antérieure et continue, y compris l’omission de consulter, ne fait naître l’obligation de consulter que si la décision actuelle risque d’avoir un nouvel effet défavorable sur une revendication actuelle ou un droit existant.

Arrêt Rio Tinto, au paragraphe 49.

[26]  Autrement dit, le fait d’avoir omis de consulter par le passé ne crée pas une obligation de consulter dans l’avenir. Toutefois, si les faits concernant la possibilité d’un effet préjudiciable ont changé, l’obligation de consulter apparaît de nouveau.

[27]  En l’espèce, le ministre soutient qu’il n’existe aucune obligation de consulter à l’égard des permis de transfert parce que des consultations ont été menées concernant le permis de l’installation aquacole de l’île Swanson, et notamment le repeuplement de l’installation, et qu’il n’existe aucun nouvel effet défavorable touchant les droits de la PNN.

[28]  La Cour fédérale a passé en revue, de façon assez détaillée, l’historique des consultations entre la PNN et le ministre concernant le dossier de l’aquaculture. Je ne tenterai pas de résumer tout l’historique des consultations, mais quelques points méritent d’être soulignés. Au paragraphe 301 de ses motifs, la Cour rappelle que le ministre a consulté les Premières Nations au sujet du nouveau régime fédéral d’octroi de permis d’aquaculture qui allait entrer en vigueur en décembre 2010, après la déclaration selon laquelle le régime d’octroi de permis de la Colombie-Britannique excédait les pouvoirs de la province :

[Le déposant] déclare que ces séances de consultation portaient sur les conditions des permis, ce qui incluait les conditions relatives aux transferts de poissons, à la santé des poissons ainsi qu’à la gestion des parasites et des agents pathogènes, et il décrit la manière dont la PNN y a pris part. Il indique aussi qu’entre 2011 et 2015 le MPO a consulté des Premières Nations, dont la PNN, sur les sites d’élevage de saumons dans leurs territoires respectifs ainsi que sur les conditions de permis annuelles. En 2015‑2016, le MPO a également consulté des Premières Nations sur la mise en œuvre de l’octroi de permis pluriannuels dans le domaine de l’aquaculture, et le MPO continue de mener des consultations sur le renouvellement des permis d’aquaculture et les modifications apportées aux permis pour des installations se trouvant dans des territoires revendiqués par des Premières Nations.

[29]  Au paragraphe 306 de ses motifs, la Cour a exposé les détails des interactions entre la PNN et le ministre et ses représentants entre 2012 et 2018. La Cour a conclu que la PNN avait été consultée à propos du régime fédéral d’octroi de permis d’aquaculture, compte tenu de la présomption de responsabilité du gouvernement fédéral en matière d’aquaculture marine : décision, au paragraphe 321. En outre, le ministre a continué de mener des consultations concernant le renouvellement des permis d’aquaculture. De plus :

En 2014, le MPO a fait part à la PNN des modifications envisagées pour les permis d’aquaculture, qui visaient à augmenter la production dans les sites se trouvant dans le territoire qu’elle revendiquait, et il a cherché à discuter avec la PNN de divers sujets, dont les préoccupations relatives à l’état de santé des poissons. En 2015, le MPO a avisé la PNN de deux nouvelles demandes de permis d’aquaculture dans le territoire qu’elle revendiquait et lui a fait savoir qu’il envisageait de délivrer à l’avenir des permis pluriannuels. En 2016, des discussions ont porté sur divers sujets, dont l’opposition de la PNN à la modification proposée du permis d’aquaculture relatif à l’installation de l’île Maude. En 2017, la PNN a demandé la tenue d’une réunion, que le MPO a aidé à organisé [sic], en vue de discuter de la pisciculture dans des parcs en filet, et le MPO a plus tard fourni à la PNN des rapports portant sur les maladies infectieuses chez les poissons.

Il ressort clairement de la preuve présentée par le MPO que ce dernier a consulté de manière continue la PNN ainsi que d’autres Premières Nations, non seulement au sujet des permis d’aquaculture, mais aussi des questions qui y étaient liées, dont l’état de santé des poissons. De plus, le MPO a systématiquement montré qu’il était disposé à discuter avec la PNN de toute question relative à l’octroi de permis d’aquaculture et à la gestion de ce domaine d’activité qui la préoccupait. L’affidavit n^o 2 de M. Thomson montre aussi, et sur une base prospective, que le MPO entend discuter de la gestion de la santé des poissons, dont les mises à jour du système d’autorisation des transferts, avec les Premières Nations et d’autres intervenants.

Décision, aux paragraphes 322 et 323.

[30]   Les conclusions de fait de la Cour montrent clairement qu’il y a eu de nombreuses consultations à propos de l’aquaculture et de l’état de santé des poissons. Plus particulièrement, la Cour a conclu que les consultations menées en 2012 au sujet de la mise au point et de l’application du régime de réglementation de l’aquaculture et du système d’octroi de permis ont porté de manière générale sur de nombreux aspects de l’aquaculture, dont la santé des poissons : décision, au paragraphe 324. Toutefois, la Cour a également conclu que les données scientifiques entourant le RVP et l’IMSC évoluent rapidement et que ces questions n’ont pas été expressément traitées dans les consultations initiales portant sur la santé des poissons : décision, au paragraphe 329.

[31]  La Cour a conclu que le Ministère avait manqué à son obligation de consultation pour les raisons suivantes :

[...] en septembre 2017, lorsque la PNN a fait part de son inquiétude à propos de la poursuite des transferts sans que l’on procède à des tests de dépistage du RVP et, en novembre 2017, lorsqu’elle a souhaité que l’on tienne des consultations sur cette question, son opinion étant que les nouvelles données scientifiques établissaient que le RVP causait l’IMSC et risquait d’avoir un nouvel effet défavorable sur ses droits, le MPO, dans le cadre de son processus de consultation continu au sujet de la gestion de l’aquaculture et de l’octroi de permis d’aquaculture, aurait dû répondre à cette préoccupation et en discuter. Dans ces circonstances, la demande de la PNN a fait en sorte que le PMO [sic] se devait de lui répondre dans le contexte de son obligation continue de consultation. Et, lorsque le PMO [sic] a réexaminé par la suite la Politique concernant le RVP, c’est‑à‑dire le 28 juin 2018, sans répondre aux préoccupations de la PNN, même à un niveau général, il a manqué à cette obligation.

Décision, au paragraphe 330. [Non souligné dans l’original.]

[32]  Selon la norme de contrôle établie dans les arrêts Agraira et Merck Frosst, notre Cour doit se concentrer non pas sur la décision de la Cour fédérale, mais sur celle du ministre. Comme le ministre n’a pas justifié sa décision dans des motifs exposés par écrit, nous devons nous en remettre au dossier pour voir s’il est possible d’y découvrir « une justification claire pour la décision », comme l’enseigne la Cour suprême aux paragraphes 136 à 138 de l’arrêt Vavilov.

[33]  Le meilleur indice de la justification du ministre apparaît au paragraphe 363 de l’affidavit n^o 2 de M. Thomson, cité au paragraphe 301 de la décision :

[traduction]
363. [à] l’heure actuelle, le MPO ne mène pas de consultations sur les permis d’introduction et de transfert, car les consultations avec les Premières Nations portent sur les décisions relatives à l’octroi de permis d’aquaculture. Ces permis sont délivrés dans la perspective que les poissons seront transférés à destination et en provenance du site dans le cadre d’activités régulières.

[34]  Cette approche est conforme aux arrêts Douglas et Lefthand, qui précisent que, lorsque des consultations appropriées sont menées concernant une stratégie ou une politique générale, il n’est pas nécessaire de mener d’autres consultations à chaque étape de la mise en œuvre de cette stratégie ou de cette politique, en supposant qu’aucune preuve d’un nouvel effet défavorable n’est apportée.

[35]  La difficulté pour le ministre, c’est que la Cour fédérale doutait qu’il ait respecté cette politique générale en matière d’aquaculture :

Comme j’ai conclu que l’Interprétation du ministre relative à l’article 56 du RPDG est déraisonnable, il ne m’apparaît pas évident que la politique concernant le RVP et les transferts connexes étaient effectivement compatibles avec la stratégie générale en matière d’aquaculture (R c Lefthand, 2007 ABCA 206, au paragraphe 40).

Décision, au paragraphe 325. [Non souligné dans l’original.]

[36]  Si le transfert autorisé par le permis n’était pas conforme à la « stratégie générale en matière d’aquaculture » du MPO, le ministre a eu tort de s’appuyer sur les arrêts Douglas et Lefthand. Quoi qu’il en soit, la PNN soutient qu’il existe un nouvel effet défavorable, alors que le ministre affirme le contraire.

[37]  Dans le cours normal des choses, notre Cour examinerait le dossier afin de déterminer si la position du ministre est fondée. Lorsque l’existence ou l’étendue de l’obligation de consultation « repose [...] sur l’appréciation des faits », il convient de faire preuve de déférence à l’égard des conclusions de fait du tribunal : arrêt Nation haïda, au paragraphe 61. La question de savoir s’il existe ou non un nouvel effet défavorable est une question de fait, pour laquelle il convient de faire preuve de déférence.

[38]  Cependant, nous ne sommes pas dans le cours normal des choses, parce qu’il y a eu deux décisions de la Cour fédérale portant sur l’obligation de consultation, l’une à propos de la Politique concernant le RVP et l’autre relative au présent appel et portant sur l’octroi du permis de transfert. La décision relative à la Politique concernant le RVP n’a pas fait l’objet d’un appel, alors que la décision relative à l’octroi du permis de transfert a fait l’objet d’un appel. Ces décisions sont interreliées de telle façon qu’il est difficile de les séparer. La découverte d’un nouvel effet défavorable, qui donne lieu à l’obligation de consultation à propos de la Politique, doit également donner lieu à l’obligation de consultation à propos de l’octroi du permis. Dans la mesure où la Cour a conclu que l’évolution des connaissances scientifiques entourant le RVP et l’IMSC constituait un nouvel effet défavorable en ce qui a trait à la Politique concernant le RVP (voir la décision, au paragraphe 330), cette même évolution des connaissances scientifiques a potentiellement créé un nouvel effet défavorable en ce qui a trait à l’autorisation de libérer des poissons sans faire de test de dépistage, ce qui constitue le résultat opérationnel de la Politique concernant le RVP. Dans les deux cas, le risque d’effet préjudiciable pour les stocks de saumons sauvages pourrait être plus grand que ce qu’a précédemment envisagé le ministre, donnant ainsi naissance à un nouvel effet défavorable (voir la décision, au paragraphe 332). À mon avis, la Cour fédérale, dans son examen lié à la demande relative à la Politique concernant le RPV, a tiré une conclusion déterminante pour le présent appel, comme on peut le lire au paragraphe 330 de la décision, cité au paragraphe 31 ci-dessus. Plus précisément, quand la Cour a conclu que le ministère avait manqué à son obligation de consulter en lien avec la Politique concernant le RPV, elle aurait également dû conclure qu’il avait manqué à son obligation de consulter relativement à l’octroi du permis. Ce serait contraire au bon sens que de conclure autrement.

[39]  Cela met notre Cour dans une position difficile. Nous ne pouvons examiner le dossier et déterminer pour nous-mêmes s’il existait un nouvel effet défavorable, parce que cela pourrait miner une décision qui n’a pas fait l’objet d’un appel. Nous ne pouvons trancher le présent appel en concluant que la décision relative à la Politique concernant le RPV est erronée. Cela équivaudrait à attaquer indirectement une décision qui n’a pas fait l’objet d’un appel : Wilson c. La Reine, [1983] 2 RCS 594, aux pages 599 et 600, 4 D.L.R. (4^th 567). Il est important de souligner qu’il ne s’agit pas d’un litige touchant une décision rendue en première instance et examinée dans le cadre d’un appel non lié; dans un tel cas, une cour d’appel jouit d’un droit incontesté de conclure que la décision en première instance contient une erreur concernant un point de droit. Il s’agit ici d’un litige où deux demandes présentées par la même partie ont été tranchées en fonction des mêmes éléments de preuve; l’une des décisions a fait l’objet d’un appel, mais pas l’autre.

[40]  Par conséquent, j’accueillerais l’appel.

V.  Mesures de redressement

[41]  Le contrôle judiciaire constitue un recours intrinsèquement discrétionnaire : voir Établissement de Mission c. Khela, 2014 CSC 24, au paragraphe 41, [2014] 1 RCS 502; Canadien Pacifique Ltée c. Bande indienne de Matsqui, [1995] 1 RCS 3, au paragraphe 30, 122 D.L.R. 4^th 129. Il est discrétionnaire en ce sens que la Cour peut décider si une demande sera entendue alors qu’il existe un autre recours. Même si la demande est entendue et que le demandeur obtient gain de cause, la Cour a le pouvoir discrétionnaire de refuser d’accorder une réparation : voir l’arrêt Vavilov, au paragraphe 139; Mobil Oil Canada Ltd. c. Office Canada–Terre-Neuve des hydrocarbures extracôtiers, [1994] 1 RCS 202, au paragraphe 228, 111 D.L.R. 4^th; Mines Alerte Canada c. Canada (Pêches et Océans), 2010 CSC 2, au paragraphe 52, [2010] 1 RCS 6; Canada (Procureur général) c. Philps, 2019 CAF 240, au paragraphe 40; Krause c. Canada, [1999] 2 CF 476, au paragraphe 490, 1999 CanLII 9338 (CAF).

[42]  Dans l’exercice de mon pouvoir discrétionnaire, je refuserais d’accorder réparation en l’espèce, pour deux raisons. La première est la même raison que celle invoquée par la Cour fédérale : il ne sert à rien d’annuler un permis qui a expiré. Cela équivaut à annuler une nullité.

[43]  La seconde raison est plus substantielle. Dans la décision Morton 2015, la Cour a conclu que l’article 56 du Règlement interdisait au ministre de délivrer un permis de transfert en présence de maladies ou d’agents pathogènes « qui pourraient nuire à la protection et à la conservation des espèces ». La Cour a aussi conclu que l’expression « pourraient nuire » n’exigeait pas une certitude scientifique ni même un consensus selon lequel un agent pathogène (comme le RVP) est la cause d’une maladie (comme l’IMSC). La PNN a compris que c’était là l’effet de la décision Morton 2015, et a indiqué aux représentants du ministre que [traduction] « [...] les permis de transfert délivrés sans tests de dépistage du RVP, ou le fait d’autoriser des transferts de poissons infectés par le RVP, seraient incompatibles avec la décision Morton 2015 et illégaux » : voir la décision, au paragraphe 306, au point qui commence par « En janvier 2018 ».

[44]  Dans les circonstances, la PNN disposait d’un recours approprié pouvant remplacer la présente demande de contrôle judiciaire. Après avoir été informée de l’intention du ministre de délivrer le permis, elle aurait pu déposer en temps opportun une requête en injonction en vue d’empêcher le ministre de délivrer le permis et de contrevenir à l’article 56 et à la décision Morton 2015 : voir la décision Première nation de Namgis c. Canada (Pêches, Océans et Garde côtière), 2018 CF 334, aux paragraphes 102 et 108.

[45]  Comme la PNN s’est abstenue de profiter des outils à sa disposition pour empêcher l’octroi du permis, je ne suis pas prêt à lui accorder réparation pour un manquement à l’obligation de consultation, laquelle aurait été superflue, étant donné la décision rendue dans le jugement Morton 2015 et les consultations menées en lien avec la Politique concernant le RVP.

[46]  Par conséquent, je ne suis pas convaincu que la Cour devrait exercer son pouvoir discrétionnaire et accorder à la PNN la mesure de réparation qu’elle sollicite.

VI.  Conclusion

[47]  J’accueillerais l’appel avec dépens en faveur de l’appelante et j’annulerais la décision de la Cour fédérale.

« J.D. Denis Pelletier »

« Je souscris aux présents motifs.

Johanne Gauthier, j.c.a. »

« Je souscris aux présents motifs.

Judith Woods, j.c.a. »

 

COUR D’APPEL FÉDÉRALE

AVOCATS INSCRITS AU DOSSIER

DOSSIER :	A-110-19
INTITULÉ :	LA PREMIÈRE NATION DES ‘NAMGIS c. LE MINISTRE DES PÊCHES, DES OCÉANS ET DE LA GARDE CÔTIÈRE CANADIENNE et MOWI CANADA WEST LTD. (AUPARAVANT CONNUE SOUS LE NOM DE MARINE HARVEST INC.)
LIEU DE L’AUDIENCE :		Vancouver (Colombie-Britannique)
DATE DE L’AUDIENCE :		Le 20 novembre 2019
MOTIFS DU JUGEMENT :		LE JUGE PELLETIER
Y ONT SOUSCRIT :		LA JUGE GAUTHIER LA JUGE WOODS
DATE DES MOTIFS :		Le 17 juillet 2020

COMPARUTIONS :

Sean Jones Meaghan Conroy	Pour l’appelante
Tim Timberg Gwen MacIsaac	Pour l’intimé LE MINISTRE DES PÊCHES, DES OCÉANS ET DE LA GARDE CÔTIÈRE
Chris Watson Ian Knapp	Pour l’intimée MOWI CANADA WEST INC.

AVOCATS INSCRITS AU DOSSIER :

MLT Aikins LLP Vancouver (Colombie-Britannique)	Pour l’appelante
Nathalie G. Drouin Sous-procureure générale du Canada	Pour l’intimé LE MINISTRE DES PÊCHES, DES OCÉANS ET DE LA GARDE CÔTIÈRE
MacKenzie Fujisawa SRL Vancouver (Colombie-Britannique)	Pour l’intimée MOWI CANADA WEST INC.